Hidan no Aria menceritakan tentang Kinji Toyama, seorang mahasiswa di Tokyo Butei High, sebuah akademi di mana siswa yang memiliki bakat akan menjalani latihan spesial untuk menjadi seorang Butei. Ketika Kinji memutuskan untuk keluar dari akademi tersebut karena alasan pribadi, dia diserang oleh seorang pembunuh Butei. Namun seorang Butei elit bernama Aria H. Kanzaki datang menyelamatkannya dan semenjak saat itu kehidupan Kinji pun mulai berubah.