Cerita anime ini bermula ketika sebuah gerbang raksasa (Gate) muncul di Tokyo. Tiba-tiba dari gerbang tersebut muncul para tentara dengan pakaian abad pertengahan yang langsung menyerbu warga yang sedang berjalan-jalan di sana. Tidak hanya para manusia, para makhluk yang hanya ada di cerita seperti Orc, Goblin dan Wyvern juga muncul dan ikut menyerang.