Anime ini mengambil latar di dunia fiksi di mana ilmu alkimia menjadi cabang pengetahuan yang berkembang pesat. Ilmu alkimia sendiri berlandaskan pada hukum equivalent exchange, yaitu : untuk menciptakan sesuatu maka harus dibayar dengan sesuatu yang senilai. Cerita bermula ketika dua bersaudara bernama Ed & Al mencoba menghidupkan kembali ibunya.