Dunia kian dekat dengan kehancuran yang disebabkan oleh “Keputusasaan Terakhir” yang memicu “Yang Terbesar, Yang Paling Mengerikan, (dan) Kejadian yang Paling Tragis dalam Sejarah Manusia”. Demi menyelamatkan dunia ini dari kekacauan, dibentuklah the Future Foundation. Meskipun organisasi ini terus menjalankan kegiatan untuk memulihkan dunia, namun Naegi Makoto dicurigai telah berkhianat karena melindungi “Sisa Keputusasaan”.